De acuerdo con la misión primaria de la CONEAU (coordinar y llevar adelante las evaluaciones externas y puesta en marcha de nuevas instituciones universitarias nacionales o el reconocimiento de las provinciales), el crédito devengado correspondió, fundamentalmente, a gastos en personal (51,1%) y al pago de servicios no personales (45,4%).

La CONEAU se encarga de 2 actividades básicas: la evaluación y la acreditación de carreras de grado y especialidades de posgrado.

En lo que respecta a la evaluación, comprende la evaluación institucional externa de todas las universidades del país (públicas y privadas) y de proyectos institucionales. La primera hace al cumplimiento de evaluación de toda universidad cada 6 años, partiendo de la autoevaluación de las propias universidades y estableciéndose convenios de presentación del informe con la CONEAU. El proceso demora entre 6 meses a un año, dependiendo del tamaño y de las problemáticas internas de las universidades. En el período se culminó la evaluación de la Universidad de Aconcagua -la cual comenzó en el ejercicio 2003-, de la Cuenca del Plata y de la Universidad Nacional General de San Martín. Cabe aclarar además, que se inició la evaluación de la Universidad Nacional de Lanús, pero se pospuso por tiempo indeterminado por decisión de la Comisión de Pares. Por tal motivo, los miembros de la comisión cobraron el 20% de sus honorarios.

La evaluación de proyectos institucionales implica la autorización provisoria de universidades privadas, de proyectos institucionales de nuevas universidades nacionales y el reconocimiento de universidades provinciales.

Por su parte la acreditación de carreras de grado y postgrado comprende procesos de menor duración.