El control de la gestión pública es responsabilidad de la Auditoría General de la Nación y de la Sindicatura General de la Nación.

La Auditoría General de la Nación, tiene como misión primaria ejercer el control externo de la gestión presupuestaria, económica, financiera, patrimonial, legal y contable de la Administración Pública Nacional, empresas y sociedades del Estado, entes reguladores de servicios públicos y entes privados adjudicatarios de procesos de privatización, en cuanto a las obligaciones emergentes de los respectivos contratos. El monto devengado al cuarto trimestre del 2000 fue superior en 1,1 millones de pesos al devengado en igual período del año anterior. El mismo obedece a un incremento en el gasto en personal (2,2 millones de pesos) compensados en parte, por un ahorro en servicios no personales (1,1 millones de pesos).

La Sindicatura General de la Nación, órgano de control interno del Poder Ejecutivo Nacional y Organo Rector del sistema, cumple la función de coordinación y aplicación de un modelo de control integral fundado en los criterios de economía, eficiencia y eficacia. En términos financieros, no presentó variación significativa en el nivel del gasto, comparado con el año 1999. El porcentaje de ejecución del crédito disponible fue inferior al porcentaje considerado normal para el período, siendo el gasto en servicios no personales el de menor porcentaje de ejecución.