El control de la gestión pública es responsabilidad de la Auditoría General de la Nación y de la Sindicatura General de la Nación.

La Auditoría General de la Nación, tiene como misión primaria ejercer el control externo de la gestión presupuestaria, económica, financiera, patrimonial, legal y contable de la Administración Pública Nacional, empresas y sociedades del Estado, entes reguladores de servicios públicos y entes privados adjudicatarios de procesos de privatización, en cuanto a las obligaciones emergentes de los respectivos contratos. El monto ejecutado al tercer trimestre en los años 1998 y 1999, no ha variado significativamente.

La Sindicatura General de la Nación es el órgano de control interno del Poder Ejecutivo Nacional y Organo Rector del sistema. Las funciones primarias son las de coordinar y aplicar un modelo de control integral fundado en los criterios de economía, eficiencia y eficacia. En el período bajo análisis se observa una subejecución principalmente en el gasto en servicios no personales.